Eine Transmutation ist ein Vorgang, welche den Kern der Alchemie bildet. Bei diesem Vorgang gilt das Gesetz des "Äquivalenten Tausches", welches besagt, dass wenn man etwas Neues erschaffen möchte dafür etwas gleichwertiges im Tausch abgeben muss. Edward und Alphonse tun dies am Anfang wobei Ed sein rechtes Bein, und Al seinen gesamten Körper eintauschen muss. Um allgemein Alchemie verwenden zu können, bedarf es einem sogenannten Transmutationzirkels. Dieser "bündelt" die Energie, die dann genutzt werden kann. Edward und Alphonse, wie auch einige andere, können jedoch auch ohne einen solchen Kreis zu zeichnen, Alchemie benutzen. Das kommt daher, da sie am Anfang versuchten ihre Mutter "wiederzubeleben". Dadurch erlangten sie die Fähigkeit durch zusammenschlagen der Hände (wie zum Gebet - - > Anlehnung an den ideologischen Aspekt, sich mit Gott gleichstellung zu wollen?) ebenso gut Alchemie nutzen zu können, wie jene, die erste einen Kreis zeichnen müssen.
Tabu der Alchemie[]
Es gibt einige Tabus, die Alchemisten niemals brechen dürfen. Einige sind vom Staat vorgeschrieben und betreffen vor allem Staatsalchemisten, andere gelten für alle Alchemisten.
Das größte der Tabus der Alchemie ist es, zu versuchen einen Menschen zu transmutieren und somit neues Leben zu erschaffen.
Bekannt ist, dass eine solche Transmutation niemals gelingen kann. Versucht ein Mensch dies dennoch, wird er vor ein Tor gezogen. Dieses Tor existiert in jedem Alchemisten und hat für jeden eine andere Verzierung, meist mit dem Transmutationskreis des jeweiligen Menschen. Vor dem Tor wartet ein gesichtloses Wesen. Es bezeichnet sich selbst als >>'das, was ihr "die Welt" nennt. Oder auch "das All" oder "Gott" oder "die Wahrheit". Oder "das Ganze" oder "das Eine". Und ich bin "du".<<
- Dieses Wesen öffnet einem Alchemisten, der eine menschliche Transmutation (gewollt oder ungewollt) durchführt, das Tor zur Wahrheit. Nach dem Eintritt wird das Gehirn mit unzähligen Informationen gefüllt.
Wenn der Alchemist wieder heraus gezogen wird, vor das Tor, wird ihm eine Passgebühr für das Sehen der Wahrheit abgenommen, was im Äquivalenten Tausch zur Auflehnung gegen Gott angesehen wird.
Wer die Wärme seiner verlorenen Mutter erneut spüren wollte, verliert seinen Körper und kann somit nie wieder Wärme empfinden. Die Frau, die ihr tot geborenes Kind wieder zum Leben erwecken wollte, werden innere Organe genommen, wodurch sie nie wieder Kinder kriegen kann. Und wer die Zukunft sehen wollte, dem wird das Augenlicht genommen.
Als ein weiteres Tabu gilt es, dass Alchemisten kein Gold erschaffen dürfen. Dies wird zwar als Regelung für Staatsalchemisten genannt, es ist jedoch anzunehmen, dass dies für keinen Alchemisten möglich ist oder nur mit hohem Risiko, wie bei einer Menschlichen Transmutation, da sonst viele Alchemisten Gold herstellen würden, wodurch Gold wertlos würde.
Möglich ist auch, dass eine Transmutation in Gold nicht lange anhält, wie es bereits im 3. Kapitel des Manga auftauchte.